해설) 입주권 상태에서 비과세 혜택을 받기 위해서는 충족해야 할 요건들이 있다. 관리처분계획 인가일 현재 1세대 1주택을 보유해야 하고, 2년 이상의 보유 요건을 충족해야 하며, 입주권의 양도 시점에 다른 주택을 가지고 있지 않거나, 새로운 주택을 취득한 후 3년이내에 당해 입주권을 팔아야 한다.

일반 주택의 비과세 요건과 거의 유사하지만 가장 커다란 차이는 인가일 현재 1세대1주택 비과세요건을 갖추어야 한다는 것이다.

△보유 요건을 충족해야 한다

종전에는 관리처분인가시점을 기준으로 판단했다. 따라서 인가일 현재 2년 보유요건을 충족해야 했다. 그러나, 실질적으로 관리처분계획의 인가일이후부터 이주완료일까지의 기간이 상당하고, 해당기간에는 세입자 및 조합원이 실거주를 하고 있기 때문에 관리처분인가일 이후에도 주택으로서의 효용이 유지되는 한, 입주권이 아닌 주택으로서의 보유기간을 인정받게 되었다. 

△양도일 현재 다른 주택이 없어야 한다

조합원입주권의 양도일 현재 다른 주택이 없어야 입주권비과세가 가능하다. 만약 조합원입주권외에 1주택을 소유한 경우라면, 그 1주택을 취득 후 3년 이내에 조합원입주권을 양도해야 비과세요건을 충족하게 된다.

사례의 경우 1세대가 2년 이상 보유하고 있는 2개의 주택 전부가 관리처분에 의하여 1개의 조합원입주권으로 전환된 케이스다. 우선 조합원입주권양도에 대한 비과세 요건에 대입을 해보면, 관리처분인가시점에 이미 2년이상 보유되었고, 양도일 현재 다른 주택은 없는 상태이다. 단, 관리처분인가일 현재 2주택이었다는 부분이 입주권비과세요건과 부합되지 않는다.

만약, 2개의 주택이 2개의 입주권으로 존재한다면 어땠을까? 이 경우 먼저 양도는 입주권은 다주택자로서 과세되고, 그 후에 양도되는 입주권은 1세대 1주택으로 비과세될 것이다.

지율씨의 경우 단지, 2개의 입주권이 아닌 1개의 입주권을 받은 것이고, 그렇다면, 1세대 1주택의 판단역시 다를 바가 없다. 기존 2채중 한 채에 대해서는 그 차익을 산정하여 과세하고, 나머지 한 채는 비과세하면 되는 것이다. 그런데. 어떤 주택을 과세하고 어떤 주택을 비과세할 것인지에 대해서는 의문이 제기된다. 동시에 양도되는 경우인데. 매매차익이 큰 부분이 먼저 양도되었다고 할 경우 전체적인 세부담이 커지는 결과가 초래된다.

이 경우 납세자가 선택한 주택에 대해서 비과세를 적용하는 것으로 해석하고 있다. 즉, 지율씨는 두 채중 매매차익이 큰 주택입주권부분에 대해서 비과세를 선택할 수 있고, 나머지 주택입주권 양도차익에 대해서만 세금을 내면 된다.

환급금에 대해서는 어떻게 판단해야 할까?

조합원분양가액을 초과하는 권리가액부분에 대해서는 종전부동산의 지분이 양도된 것으로 보아 과세여부를 결정하게 된다. 따라서 1세대 1주택에 해당하는 조합원지분이라면, 환급금에 대해서 비과세 가능하다. 권리가액이 9억원을 초과하는 경우 고가주택의 양도차익산정방식에 의하여 비과세규정을 적용하게 된다. 다만, 지율씨 처럼 기존 2채인 경우로서 권리가액이 9억원을 초과할 경우의 과세방식은 추가적인 연구가 필요하다.

우선 환급금의 양도차익에 대해서 입주권의 양도와 동일한 기준을 적용할 수 있는지 이다. 기존의 예규등을 종합하여 유추해석할 경우 동일한 기준대로 선택한 한 채부분의 환급청산금은 비과세가 가능하다는 결론이다. 그러나 아직까지 과세관청의 공식적인 해석은 없는 상태이다.

또한 고가주택의 양도차익 산정시 9억원 초과분은 두채의 주택을 합한 권리가액에 적용할 것인지, 아니면, 비과세로 선택한 한 채에만 적용할 것인지에 대한 것도 의문이다. 논리적으로 보았을 때는 두 채의 주택을 합한 권리가액이 아닌 선택한 한 채의 권리가액을 기준으로 고가주택의 양도차익을 산정해야 할 것이다.

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