조합의 담당세무사는 해당 용역이 과세사업과 면세사업에 공통되는 용역이므로 환급의 가능성이 있다고 권하였고, 조합은 이를 받아들여 부가세 환급신청을 하였다. 관할 세무서는 ‘2010년 2기 및 2011년 1기 경정청구 내역 중 정비사업전문관리용역계약 및 조합설립동의서 징구 등과 관련한 금액에 대해서는 건축물 착공하기 이전의 단계에서 필요로 하는 토지조성을 위한 자본적 지출로 보아 매입세액 불공제’한다는 이유로 환급을 거부한다고 통지하였다.

해설) 부가가치세법은 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 ‘부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액과 대통령령이 정하는 토지 관련 매입세액’을 들고 있다.

이때 ‘토지 관련 매입세액’이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 ‘토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액’,‘건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액’, ‘토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액’을 들고 있다.

이와 같은 각 규정 내용에 비춰볼 때, 토지 관련 매입세액이라 하더라도 ‘자본적 지출’이 아닌 ‘수익적 지출’의 성격을 가지는 경우에는 매입세액에서 공제되는 것으로 보아야 한다. 또한 통상 ‘자본적 지출’이라 함은 고정자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위한 지출을 의미하는데, 토지의 특성상 내용연수를 연장시키는 자본적 지출은 상정하기 어려우므로, 결국 ‘토지의 조성 등을 위한 자본적 지출’이란 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 데에 소요된 비용을 말한다고 보아야 한다(대법원 2006. 7. 28. 선고 2004두13844 판결 참조).

그렇다면, 조합의 초기사업단계에서 발생하게 되는 인허가 및 조합의 제반업무, 조합설립동의서 징구, 총회 대행 등 전반적인 행정업무와 관련된 것이 토지의 조성 등을 위한 자본적지출로 볼 것인가에 대해서는 의문이 생긴다.

일단, 아파트의 착공이전이므로 토지와의 관련성이 없다고 부인할 수는 없다. 도시 및 주거환경정비법 제1조는 ‘이 법은 도시기능의 회복이 필요하거나 주거환경이 불량한 지역을 계획적으로 정비하고 노후・불량건축물을 효율적으로 개량하기 위하여 필요한 사항을 규정함으로써 도시환경을 개선하고 주거생활의 질을 높이는데 이바지함을 목적으로 한다’고 규정하고 있다. 위 규정에 비추어 볼 때 도시환경정비사업의 주된 목적은‘도시환경개선’에 있는 것이지 정비구역 내에 있는 토지의 개발에 있다고 볼 수 없고, 정비구역의 지정 자체가 정비구역 내에 있는 토지의 가치를 현실적으로 증가시킨다고 볼 수 없다.

즉, 각 용역계약에 따라 제공된 용역은 인허가 및 조합의 제반업무, 조합설립동의서 징구, 총회 대행 등 전반적인 행정업무와 관련된 것이지, 토지 조성 등 토지의 형상에 관한 물리적 변경을 그 내용으로 한 것이 아니다. 따라서 각 용역계약에 따른 용역의 제공만으로 정비구역 내에 있는 토지의 가치가 현실적으로 증가하였다고 볼 수 없고, ‘토지의 조성 등을 위한 자본적 지출’이 있었다고 할 수 없다.

결국, 각 용역계약에 따른 매입세액은 토지 그 자체의 공급에 관련된 것이 아니라 이 사건 사업 전반에 관련된 매입세액에 해당한다. 즉, 과세사업과 면세사업 등에 공통되는 매입세액으로서, 안분되어야 한다. (서울행정법원2014구합52190)

문제는 최근의 조합이 시행하는 사업은 대부분이 면세사업이다. 대형평형이 인기가 없다보니, 국민주택규모이하의 평형을 공급하게 된다. 국민주택규모이하의 아파트는 면세사업에 해당한다. 만약, 지율조합이 국민주택규모이하의 아파트만 공급하는 경우로서 100%면세사업만 영위하는 경우라면, 해당 정비용역 등이 토지관련 매입세액은 아니라고 하더라도, 면세사업관련매입세액에 해당하므로 전액 불공제 처리된다.

따라서 이왕에 매입세액공제를 받지 못한 조합으로서 일반분양되는 국민주택규모 초과 아파트의 비율이 크고, 일반분양상가의 비율이 클수록 환급받게 되는 용역비관련 매입세액의 규모도 커지게 되므로 경정청구의 실익이 발생하게 된다.

문의) 02-555-5366