조합방식에 의한 사업이 경우 사업비에 대한 지출은 조합총회, 정관 등에 의하여 통제를 받게 되는데, 신탁방식에 의한 사업의 경우 상대적으로 이에 대한 조합의 통제수단이 명확하지가 않다. 또한 어떤 사유로든지 신탁계약이 해지되는 경우 또는 사업기간이 예상보다 길어지는 경우, 추가로 발생하는 비용에 대해서 누가 책임을 져야 하는지가 문제될 수 있다. 이와 관련하여 서울시도 신탁업자 정비사업 표준 기준 용역보고서를 발표하여 이에 대한 문제점을 제기한 바 있다.

신탁방식의 경우 각종 용역계약 등 이에 따른 사업비에 대한 계약 주체가 신탁사이므로, 최종적인 결정은 신탁사가 할 수밖에 없다. 그 과정에서 조합 또는 조합이 설립되지 않은 경우에는 토지소유자들의 의사에 따른 통제를 받게 되지만, 조합사업으로 진행되는 경우에 비하여 조합원 내지 토지소유자들의 의사가 제대로 반영되지 않을 가능성이 높다. 또한 신탁사는 사업비에 대한 절감 보다는 사업의 신속성에 초점을 맞추어 사업을 진행할 가능성이 높다.

이러한 경우, 조합 또는 토지소유자들이 신탁사를 상대로 소송을 제기할 수 있는지가 문제된다. 신탁법 제32조는 ‘수탁자는 선량한 관리자의 주의로 신탁사무를 처리하여야 한다’고 하여 수탁자의 선관주의 의무를, 제33조는 ‘수탁자는 수익자의 이익을 위하여 신탁사무를 처리하여야 한다’고 하여 충실의무를 규정하고 있다. 이에 대하여 금전신탁업자에 대한 선관주의의무 및 충실의무의 위반을 판단하는 기준에 대하여 대법원은 “특정금전신탁의 신탁업자가 위탁자가 지시한 바에 따라 가능한 범위 내에서 수집된 정보를 바탕으로 신탁재산의 최상의 이익에 합치된다는 믿음을 가지고 신중하게 신탁재산을 관리·운용하였다면 신탁업자는 위 법 규정에 따른 선관주의의무를 다하였다고 할 것이고, 설사 그 예측이 빗나가 신탁재산에 손실이 발생하였다고 하더라도 그것만으로 선관주의의무를 위반한 것이라고 할 수 없다.”고 하여 신탁업자의 선관주의의무 및 충실의무를 제한적으로 판단하였다. 선관의무 및 충실의무와 관련하여 법인과 대표이사 사이에 대표이사의 의무와 관련된 판례가 많은데, 이 경우에도 고의적인 직무태만인 경우, 손해가 충분히 예상되었던 경우 등에 한하여 제한적으로 책임을 인정하고 있다.

따라서 신탁사가 용역계약 체결을 일반적인 경우에 비하여 다소 과다한 가액으로 계약을 체결하였다고 하더라도, 그러한 사실만으로는 조합측이 신탁사에게 선관주의위반에 따른 책임을 청구하기는 쉽지 않을 것이다. 따라서 이 부분에 대해서는 사전에 신탁계약 체결시 조합측의 의사가 충분히 반영될 수 있도록 신탁사의 책임에 대한 부분을 구체적으로 계약에 포함하는 것이 중요하다. 또한, 사업이 약정된 기간 보다 상당기간 지체될 경우, 이에 대하여 신탁사에 지체상금을 부과하는 규정을 적극적으로 도입한느 것도 고려할 필요가 있다.

한편, 이와 별개로 신탁사가 체결한 용역계약의 내용이나 계약의 이행과정에서 결과적으로 손해가 발생한 경우(예를 들어 신탁사의 귀책사유로 용역계약이 해지되어 손해배상금을 지급하게 된 경우 등)에는 상대적으로 신탁사의 선관의무 및 충실의무 위반을 인정하기가 용이할 것이다.

소송의 주체가 누가 될 것인지도 향후 문제가 될 수 있다. 조합과 계약을 체결하는 대행자 방식의 경우 관련 분쟁의 당사자는 조합이 되므로, 특별히 문제될 것이 없지만, 토지소유자들과 직접 계약을 체결하는 시행자 방식의 경우 결국 각 토지소유자들이 소송의 당사자가 되기 때문에, 각종 민사소송법적 문제가 있다. 우선 해당 소송이 필요적 공동소송인지(즉 토지소유자 모두가 원고 또는 피고가 되어야 하는지)가 문제될 수 있는데, 구분소유자들을 민법상의 조합으로 보기는 어려우므로, 필요적 공동소송은 아니라고 판단된다. 그렇다면 각 토지소유자들은 개별적으로 또는 선정당사자를 선정하는 방식으로 신탁사를 상대로 소송을 제기할 수 있고, 신탁사는 각 토지소유자들을 상대로 소송을 제기할 수 있을 것인데, 절차적으로 상당히 번거롭게 된다. 특히 중도에 계약의 해제 여부가 소송의 쟁점이 될 경우에는 더욱 그러하다. 단순 손해배상이 문제되는 경우에는 신탁수수료와 손해배상채권의 상계도 가능할 것이므로, 사업종료시 신탁사의 수수료 청구 및 이에 대한 항변으로 손해배상채권과의 상계로 현출될 가능성이 높다.

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