조합은 사업계획에 따라 아파트 2,947세대(조합원분 2,230세대, 일반분양분 717세대) 및 상가 142세대(조합원분 41세대, 일반분양분 101세대)를 신축하고, 2006. 12. 7.경 준공인가를 받았다.

이후 2007. 1. 26.경 공동주택 및 상가에 관하여 소유권보존등기를 경료하면서, 조합원에게 분양한 아파트와 상가는 토지신탁을 해지함과 동시에 대지권등기를 거쳐 조합원들 앞으로 소유권보존등기를 마쳤다. 그리고, 일반인에게 분양한 아파트와 상가는 대지권등기를 거쳐 원고 앞으로 소유권보존등기를 마친 다음 수분양자들에게 소유권이전등기를 마쳤다.

관할 구청은 일반분양분 토지에 관하여 원고 명의로 대지권등기를 경료함으로써 원고 조합이 실질적인 소유권을 취득하였다는 이유로 일반분양분 토지 전체(조합원 신탁토지 부분 외에 조합원외 매입토지 부분도 포함되어 있다)에 대한 취득세 및 농어촌특별세 신고납부 안내를 하였고 5.5억원상당의 취득세를 납부했다.

판단) 조합은 조합원으로부터 신탁받은 토지와 제3자로부터 매입한 토지를 기반으로 아파트와 상가 등을 신축하는 사업을 시행한 다음 이를 조합원과 조합원 외의 자에게 분양하게 된다.

이후 토지 중 일부가 조합원에게 귀속되고 나머지가 일반분양자에게 귀속된다. 이 경우 일반분양자에게 귀속된 토지중 조합원이 신탁한 토지가 아닌 제3자로부터 매입한 토지가 있는 경우 해당 토지에 대해서 일반분양분에 귀속되는 토지라는 이유로 취득세가 과세될 경우 최초 취득시의 취득세와 준공시의 취득세를 부담하게되어, 2번의 취득세를 부담하는 결과가 된다.

따라서 이러한 이중과세를 피하기 위해서 일반분양분에 귀속되는 토지중 조합원외의 제3자로부터 매입한 토지가 차지하는 면적을 정확히 산정할 필요가 있다.

원칙적인 방법은 실지귀속에 따라 가리는 것이다. 그러나, 하나의 사업부지로 섞여진 상태에서 어느 것이 조합원에게 귀속되고 어느 것이 일반분양분인지를 구분하는 것은 사실상 불가능하다.

통상 조합원은 조합원의 토지를 우선적으로 소유하고 있고, 인허가등의 필요에 따라서 제3자에게 토지를 매입하게 된다. 따라서 조합원의 토지는 조합원에게 선귀속되는 것이 당연한 귀결이다. 이러한 논리에서 접근한다고 하면, 일반분양분에게 귀속되는 토지는 제3자로부터 취득한 토지가 우선 적용되어야 하는 것이고, 부족부분을 조합원토지로부터 채워지는 순서를 따라야 한다.

이에 따라 대법원 (대법원 2015.10.29.선고 2010두1804 판결)은 재건축조합이 제3자로부터 추가로 토지를 매입하는 주된 이유는 조합원들이 신탁한 토지가 부족하기 때문이므로 이는 우선적으로 일반인에게 분양될 토지로 보는 것이 당사자의 의사에 부합한다고 보았다. 

또한 재건축조합이 조합원들로부터 신탁받은 토지를 취득세 비과세대상인 조합원용 토지로 사용할 수 있음에도 이를 일반인분양용 토지로 사용한다고 보는 것은 합리적이지 않다고 보았다.

결론적으로 지율조합은 제3자로부터 취득한 토지부터 일반분양분 토지로 보고, 나머지 부족분에 대해서 조합원이 신탁한 토지를 일반분양자에게 귀속시키는 것으로 보아 일반분양분토지에 대한 취득세를 산정하면 된다.

문의) 02-555-5366